All'ombra del Giappone è in corso una battaglia segreta. Esistono ancora circa 200.000 ninja che svolgono missioni mortali come organizzazione segreta, National Intelligence of NINJA o NIN. Ma sorge uno sfidante: UNDER NINJA. Conosciuti come ONU, questi ninja si oppongono ai NIN in ogni momento. Una di queste Nazioni Unite è Kuro, un liceale solitario inviato in prima linea. Quale sarà il suo destino e quale fazione prevarrà?