Oltre a raddoppiare la durata di ogni episodio, The New Scooby-Doo Movies differiva dal suo predecessore per l'aggiunta di uno slot speciale per guest star a rotazione; ogni episodio presentava celebrità della vita reale o personaggi immaginari ben noti che si univano alla banda di Mystery, Inc. per risolvere il mistero della settimana. Alcuni episodi, in particolare quelli con guest star i personaggi della Famiglia Addams, Batman e Jeannie, si discostarono dal formato consolidato di Scooby-Doo di presentare criminali mascherati da esseri soprannaturali introducendo veri fantasmi, streghe, mostri e altri personaggi simili. nelle trame.