Quando la Justice League scompare e i cattivi invadono Metropolis, c'è solo una squadra che può risolvere questo mistero: Scooby-Doo e la banda! Ma aspetta, c'è un nuovo cane in città: Krypto, il supercane di Superman con superpoteri. La Mystery Inc. avrà bisogno di tutto l'aiuto possibile quando i fantasmi minacciano il quartier generale della Justice League.