Costretta a lasciare la sua città natale a causa della promozione di suo padre, Blythe Baxter si trasferisce in un appartamento situato in una città affollata. Il suo appartamento si trova sopra l'omonimo Littlest Pet Shop, un negozio di animali che contiene un campo giornaliero per vari animali domestici. La sua avventura inizia quando scopre che solo lei può miracolosamente comprendere e parlare con tutti gli animali domestici e con altri animali diversi da loro. Lei e gli animali vivono diverse avventure insieme, solo per scoprire che il loro campo giornaliero sta fallendo a causa di un negozio di animali più grande gestito dai gemelli Whittany e Brittany Biskit, insieme al padre Fisher Biskit. Non avendo altre opzioni, gli animali si rivolgono a Blythe per aiutarli a salvarlo dalla chiusura.