La storia segue Eren Yeager e Mikasa Ackerman che entrano nella Titan Jr. High, una scuola dove umani e Titani studiano nella stessa area in coesistenza. A causa di un evento "traumatico", in cui il Titano Colossale mangiò il suo pranzo alle scuole medie, Eren odia i Titani e cerca costantemente di trovare un modo per liberare la terra dalla loro specie. Per questo motivo, ha difficoltà a farsi degli amici, con grande preoccupazione di Mikasa.