Ambientato ad Akihabara, la mecca degli otaku di Tokyo, "Akihabara@DEEP" racconta la storia di cinque otaku che abbandonano la società e finiscono per fondare la propria impresa informatica di successo chiamata Crook. Ma Nakagomi, presidente di un'influente società di elettronica chiamata Digital Capital, farà di tutto per mettere le mani su Crook.