Quando i malvagi Yo-Kai Kin, Gin e Bronzlow fanno sparire dal tempo lo Yo-Kai Watch in modo che possano aiutare Dame Dedtime a impedire che gli umani e gli Yo-Kai siano amici, Nate Adams trova aiuto nello Yo-Kai Hovernyan, che prende Nate , Whisper e Jibanyan 60 anni indietro, quando lo Yo-Kai Watch fu inventato per la prima volta dal nonno di Nate, Nathaniel Adams, quando era un ragazzo. Insieme, i 2 ragazzi combattono Dame Dedtime e i suoi malvagi servitori Yo-Kai malvagi per salvare il mondo dai suoi piani malvagi.