Minacce di morte, battaglie giudiziarie e un'iconica specie in via di estinzione nel mezzo, The Trouble With Wolves dà uno sguardo da vicino al dibattito sulla conservazione della fauna selvatica più acceso e controverso del nostro tempo. Il film si propone di scoprire se la convivenza sia davvero possibile ascoltando le persone direttamente coinvolte.