St. Agatha è ambientato negli anni '50 in una piccola città della Georgia. Una truffatrice incinta di nome Agatha è in fuga e cerca rifugio in un convento nascosto in un assordante isolamento. Quello che inizialmente sembrava il luogo perfetto per avere un figlio si trasforma in una tana buia dove il silenzio è forzato. Segreti spaventosi vengono mascherati e ogni briciola di forza di volontà di Agatha viene messa alla prova. Presto apprende la verità malata e contorta del convento e delle strane persone che si nascondono nelle sue sale. Agatha deve ora trovare un modo per scoprire la forza inflessibile necessaria per fuggire e salvare il suo bambino prima di essere rinchiusa dietro queste mura per sempre.