Scientologist in Guerra esamina il movimento indipendente di Scientology e i disertori di alto livello che hanno pubblicamente rinunciato alla loro appartenenza alla Chiesa di Scientology. Marty Rathbun è uno dei disertori più anziani della storia di Scientology. In qualità di ex ispettore generale di etica dell'organizzazione creata dallo scrittore di fantascienza L. Ron Hubbard, Rathbun lavorò a stretto contatto con il suo leader, David Miscavige, e con il famoso seguace Tom Cruise. Il film fornisce una rara visione dall'interno della Chiesa di Scientology.