Ash e i suoi amici (questa volta accompagnati dalla nuova arrivata Dawn) arrivano in un villaggio idilliaco diretti alla prossima gara di Pokemon, dove presto scoppierà il caos con la profezia di due Dei Pokemon (Dialga e Palkia) e l'arrivo di un misterioso, apparentemente Pokemon mortale chiamato Darkrai, che ha il potere di distorcere lo spazio e il tempo.