Mireille Bouquet è un'assassina professionista, ed è molto brava in questo. Ma quando riceve un'e-mail da una giovane ragazza giapponese di nome Kirika Yumura, che la invita a fare "un pellegrinaggio nel passato", la sua vita diventa ancora più pericolosa di quanto non sia già. Ora, con una melodia inquietante che evoca il ricordo di un evento passato molto tempo fa, Mireille e Kirika decidono di lavorare insieme per trovare la verità su un'organizzazione millenaria che controlla le loro vite da prima che nascessero. E l'unico indizio nella loro ricerca, l'unica cosa che Kirika ricorda di se stessa, diventa il loro nome in codice operativo: un nome che designa un antico destino, di due fanciulle che regnano sulla morte: Noir.