Nel tentativo di lasciarsi alle spalle il loro stile di vita ninja, Rodney e Janet si ritirano in campagna per crescere una famiglia. Come dice il vecchio proverbio, però, non si può scappare dal proprio passato e la coppia si ritrova presto nel mirino di una banda piuttosto sgradevole. Quando Rodney viene incastrato e messo in prigione, Janet viene lasciata a prendersi cura del figlio da sola. Nel frattempo, nel clan, i Ninja stanno affrontando una feroce lotta interna mentre il vile Stewart tenta di prendere il potere. Quando Gordon ritorna da una missione, scopre presto la verità e tutto è pronto per uno scontro finale di proporzioni epiche.