I sopravvissuti al naufragio trovati sulla presumibilmente disabitata Infant Island portano a una spedizione scientifica che scopre una popolazione nativa sopravvissuta insieme alle Shobijin, piccole sacerdotesse fatate gemelle della mitica divinità dell'isola chiamata Mothra. Dopo che le fate vengono rapite da un uomo d'affari sfruttatore di nome Clark Nelson, Mothra decide di salvarle.