Il film Kanyakumari Express racconta di un vice commissario di polizia Mohan Sanker (Suresh Gopi). Ha perso moglie e figli in un incidente e ha spostato il suo lavoro alla Crime Branch. Lo ha fatto solo per condurre una vita tranquilla. Il cambiamento nel suo incarico è stato accolto con favore da alcuni politici. Ma svolgeva segretamente il suo dovere anche senza uniforme. Fece anche ricerche sui templi del Kerala e di Nanchinad. Fu durante questo periodo che i suoi nemici cominciarono a morire uno dopo l'altro. Anche il Primo Ministro (Jagathy Sreekumar) ha frainteso Mohan Sanker per la morte dei suoi nemici. Lì iniziò a indagare su quegli omicidi.