È passato un anno da quando Jim Button e il suo migliore amico, il macchinista Luke, sono tornati dalla loro pericolosa avventura a Dragon City. La vita a Morrowland riprende il suo corso tranquillo. All'improvviso, nubi oscure si addensano sulla tranquilla isola di Morrowland: la famigerata banda di pirati "The Wild 13" ha appreso che il drago Mrs Grindtooth è stato conquistato da Jim e Luke e ora giura vendetta. Per proteggere Morrowland da un'altra minaccia, le due partono con le loro locomotive a vapore Emma e Molly per un viaggio pericoloso dove incontrano vecchi amici come la principessa Li Si, il signor Tur Tur e Nepomuk e fanno nuova amicizia con Sursulapichi, una vera sirena. . Nel corso della loro avventura, potrebbe realizzarsi anche il desiderio più fervente di Jim: scoprire la verità sulle sue misteriose origini.