Un adolescente scopre attraverso il suo telescopio che il pianeta Icaro è in rotta di collisione con la Terra. Deriso dall'establishment scientifico, il ragazzo viene rapito e portato in una base segreta dell'ONU nelle Alpi giapponesi. Viene immediatamente inserito nel programma segreto la cui missione è finire il cannone del raggio superdistruttivo e distruggere Icarus. Al cannone manca un minerale speciale per la lente. La squadra si dirige verso un'isola misteriosa nel mezzo del Pacifico. Lì trovano le antiche rovine di Atlantide ma vengono improvvisamente attaccati da una strana astronave di metallo a forma di calamaro. È comandato dall'essere malvagio Nazu che ha architettato la collisione con Icarus! Non vuole condividere l'universo con gli umani e non vuole davvero che il cannone venga finito. L'azione è iniziata e la squadra scopre il pipistrello dorato che ha dormito per oltre 10.000 anni aspettando proprio questo momento per salvare la terra!