L'anno 2015 d.C. L'ultima era in cui la magia ancora prosperava. L'Organizzazione per la Sicurezza della Caldea è stata fondata per concentrarsi sulla preservazione della continuazione della storia umana. Osservano un mondo che la magia non potrebbe osservare e la scienza non potrebbe misurare tutto per prevenire la certa estinzione dell'umanità. Ma un giorno, il futuro che la Caldea continuava a osservare scompare e l’estinzione dell’umanità avvenuta nel 2017 diventa chiara. Anzi, era già successo. La causa sembra essere correlata a Fuyuki, una città di provincia del Giappone, nell'anno 2004 d.C. Lì appare una "regione inosservabile" che prima non esisteva. Basandosi sul presupposto che Fuyuki sia la ragione dell'estinzione dell'umanità, Chaldea emette un ordine per esplorare, investigare e possibilmente distruggere questa singolarità: una ricerca per il Santo Graal, il Grande Ordine.