Tre ragazzini esperti di computer, Naoto, Yuka e Ippei, hanno creato il proprio supereroe del videogioco, ma poi lo scoprono posseduto da un agente di polizia interdimensionale, Gridman. Perseguendo un programma malvagio chiamato Kahn Digifer, si fonde con Naoto e combatte i mostri digitalizzati di Kahn Digifer per impedire al demone computerizzato di devastare il mondo umano.