L'era in cui Samurai e Ninja esistevano in Giappone. Rikka Isurugi è nata e cresciuta in un clan Ninja isolato dalla società. Presto incontra Miya, una ragazza dai poteri misteriosi, che viene ritrovata perduta tra le montagne. Poiché Rikka è preoccupata che qualcuno stia inseguendo Miya, chiede anche al capo del clan Isurugi Ninja il permesso di vendicare la morte di suo padre. Ben presto Rikka si trova ad affrontare il pericolo con l'attacco del gruppo Negoro ma...