Æon Flux è ambientato in un mondo futuro bizzarro e distopico. Il personaggio del titolo è un agente segreto alto e vestito di pelle della nazione di Monica, abile nell'assassinio e nelle acrobazie. La sua missione è infiltrarsi nelle roccaforti del vicino paese di Bregna, guidato dal suo a volte nemico e a volte amante Trevor Goodchild. Monica rappresenta una società anarchica dinamica, mentre Bregna incarna uno stato di polizia.