A Man Vanishes esamina il concetto di Johatsu, affrontando il fenomeno delle persone scomparse in Giappone nel corso degli anni. Viene scelta una di queste persone dalla lista, qualcuno che sembrava scomparso dalla faccia della terra a causa di un'appropriazione indebita da parte della sua azienda, e i realizzatori iniziano un documentario investigativo sulle ragioni dietro e tentano di rintracciarlo.