La storia di The Empire of Corpses è ambientata nell'Europa del XIX secolo e ruota attorno a John Watson. Viene scelto dal governo per diventare un agente segreto. Tuttavia, Watson vive in un mondo in cui i "Frankenstein" - cadaveri umani riproposti con un'anima falsa per usarli come lavoratori - vengono utilizzati per migliorare lo sviluppo industriale.