La storia dell'anime è ambientata nell'anno 2202, tre anni dopo il ritorno della Yamato dal pianeta Iscandar. Il popolo della Terra ha ripristinato il proprio pianeta con il Cosmo Reverse System e ha firmato un trattato di pace con Garmillas. Oltre alla ricostruzione, la Terra ha sviluppato una nuova flotta di difesa che include la corazzata all'avanguardia Andromeda. La Terra segue un percorso di espansione militare, nonostante i desideri di Starsha Iscandar. La Yamato contribuisce a realizzare questa cosiddetta pace, ma ciò avviene al prezzo di molti sacrifici inestimabili. La dea Teresa, che prega per la tranquillità nello spazio, chiama la Yamato ad un nuovo viaggio. La minaccia di Gatlantis si sta diffondendo nell'universo e si sta avvicinando alla Terra.