Kenshin si è ambientato nella sua nuova vita con Kaoru e gli altri suoi amici quando gli viene presentata una richiesta da parte del governo Meiji. Makoto Shishio, un ex assassino come Kenshin, è stato tradito, dato alle fiamme e dato per morto. È sopravvissuto e ora si trova a Kyoto, complottando con i suoi guerrieri riuniti per rovesciare il nuovo governo. Contro i desideri di Kaoru, Kenshin accetta con riluttanza di andare a Kyoto e aiutare a evitare che il suo paese ricada nella guerra civile.