Puppet Master X segue i personaggi di Danny mentre tenta di salvare la sua ragazza Beth con l'aiuto delle marionette di Tolone. Tuttavia il loro aiuto è di breve durata poiché finiscono per essere rubati da Ozu (Terumi Shimazu). Danny e Beth devono cercare di salvare i burattini mentre cercano di difendersi da un nuovo gruppo di burattini. Nel frattempo l'occultista comandante Moebius sta tentando di utilizzare il siero che anima le marionette per creare una razza superiore e conquistare il mondo.