Ash, Pikachu e i suoi amici cercano di fermare una coppia di ladri che si nascondono nei canali e nei vicoli di Alto Mare, l'antica capitale dell'acqua. Si uniscono all'avventura due nuovi Pokémon leggendari, una coppia di fratelli chiamati Latias e Latios, che fungono da peacekeeper e protettori della Soul Dew, un tesoro inestimabile con un potere misterioso.