Nell'anno 2138, i giochi di realtà virtuale sono in forte espansione. Yggdrasil, un popolare gioco online, un giorno viene silenziosamente chiuso. Tuttavia, un giocatore di nome Momonga decide di non disconnettersi. Momonga viene quindi trasformato nell'immagine di uno scheletro come "il mago più potente". Il mondo continua a cambiare, con i personaggi non giocanti (NPC) che iniziano a provare emozioni. Non avendo genitori, amici o posto nella società, questo giovane uomo qualunque, Momonga, si sforza di conquistare il nuovo mondo in cui il gioco è diventato.