L'anno è il post disastro 323. Più di 300 anni dopo una grande guerra tra la Terra e Marte conosciuta come la "Guerra delle calamità", Marte è stato terraformato e colonizzato con successo dagli umani. Tuttavia, nonostante i progressi tecnologici, gli umani su Marte bramano la libertà contro il governo della Terra e cercano di migliorare i propri mezzi di sussistenza. Inoltre, mentre la maggior parte delle nazioni su Marte hanno ottenuto l’autonomia, il pianeta dipende virtualmente dalla Terra per lo sviluppo economico. Un giovane orfano di nome Mikazuki Augus fa parte di un gruppo di bambini che lavorano per la società di sicurezza civile Chryse Guard Security, a cui è affidata la sicurezza della principessa marziana Kudelia Aina Bernstein, che ha piani per la sua nazione di Chryse per garantire l'indipendenza dalla Terra. Un giorno, il gruppo è stato attaccato dall'organizzazione militare terrestre Gjallarhorn, che mira a fermare il movimento indipendentista marziano. Durante l'attacco, il leader dei bambini e della Terza Divisione dell'Esercito all'interno del CGS, Orga Itsuka, decide di ribellarsi agli adulti e ai superiori che erano fuggiti e ha lasciato i bambini e i fanti a rimanere e combattere come esche. Augus deve ora scegliere se seguire i suoi amici o la sua missione mentre si imbatte nel leggendario mobile suit: il Gundam Barbatos.