Una razza aliena chiamata Gauna ha distrutto la Terra. lasciando l'umanità in lotta per sopravvivere a bordo dell'astronave Sidonia. Anche se è passato un secolo dall’ultimo incontro con i Gauna, il servizio militare è obbligatorio. Per Nagate Tanikaze, il cui nonno lo nascose segretamente nelle viscere dimenticate di Sidonia, è uno strano nuovo mondo poiché è costretto a venire in superficie. Eppure il suo reclutamento arriva giusto in tempo, poiché i Gauna sono riapparsi all'improvviso.