Iris ruota attorno a due amici del 707° battaglione di missione speciale reclutati in un'agenzia segreta di operazioni segrete sudcoreane nota come Servizio di sicurezza nazionale. Tra i due, la recluta Kim Hyun-jun inizia a scoprire le prove che il suo nebbioso passato potrebbe non essere così irrilevante per la sua adesione all'organizzazione segreta. Mentre la loro lealtà viene messa alla prova dai due amici e stringono nuove, improbabili alleanze, il viaggio li porta dal loro paese d'origine all'Ungheria, al Giappone e alla Cina, dove si ritrovano al centro di una cospirazione internazionale.