Ambientato in Catalogna, Indolore intreccia due storie: in una, che inizia durante la guerra civile spagnola e arriva fino agli anni '60, un manicomio tenta di riabilitare i bambini che non provano dolore, insegnando loro la sofferenza fisica. Nella seconda, nel presente, un brillante neurochirurgo che ha bisogno di un trapianto di midollo osseo, scopre questo oscuro passato quando cerca i suoi genitori biologici.