La serie inizia nella U.C. 0001, proprio all'inizio della colonizzazione spaziale umana, quando una colonia spaziale chiamata Laplace viene distrutta durante una cerimonia ospitata dal Primo Ministro della Federazione che inaugura il sistema di datazione dell'Universal Century. La storia principale è ambientata nell'anno 0096, sedici anni dopo la fine della Guerra di un anno, tre anni dopo gli eventi di Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack e 27 anni prima di Mobile Suit Gundam F91.La storia ruota attorno a Banagher Links, un ragazzo apparentemente normale che vive e va a scuola nelle colonie spaziali. La sua vita cambia un giorno quando incontra una ragazza di nome Audrey Burne, poiché l'incontro lo mette in contatto con un nuovo Gundam e le sue connessioni con un oggetto chiamato "Laplace's Box".