Un film altamente sperimentale che presenta una storia fuori ordine cronologico ambientata 15 anni dopo una catastrofe quasi apocalittica, su quattro quattordicenni traumatizzati che hanno il compito di pilotare enormi armi umanoidi decisive chiamate Evangelion, gli adulti psicologicamente disadattati che li maneggiano e li comandano, e gli eventi e le forze che li influenzano o a cui prendono parte mentre affrontano massicci invasori ostili noti come "Angeli".