Una creatura misteriosa distrugge il 70% della luna. La creatura quindi avverte che se non verrà distrutta entro marzo del prossimo anno, la Terra sarà la prossima. La creatura chiede anche di diventare l'insegnante di scuola per la classe E di 3a elementare alla Kunugigaoka Junior High School. Il governo non ha il potere di dire no. La creatura diventa quindi l'insegnante della classe E di 3a elementare, composta da studenti bocciati tra cui Nagisa Shiota (Ryosuke Yamada). La creatura si chiama Insegnante Koro. Nel frattempo, il governo chiede agli studenti di tentare di uccidere il Maestro Koro anche se possiede dei superpoteri. Il governo offre una ricompensa di 10 miliardi di yen per chiunque lo uccida con successo. Gli studenti sono confusi dalla situazione, ma decidono di uccidere l'insegnante Koro. Quando la lezione inizia con il Maestro Koro, gli studenti si ritrovano a divertirsi con il loro nuovo insegnante.