All About Lily Chou-Chou segue due amici d'infanzia, Shusuke Hoshino e Yuichi Hasumi, dalla fine della scuola media fino all'inizio della scuola superiore. Il film ha una trama discontinua, che inizia a metà della storia, subito dopo l'inizio delle scuole superiori, poi ritorna alle medie e alle vacanze estive, per poi tornare al presente. Alle medie, Hoshino era il miglior studente della scuola, ma è stato preso di mira dai suoi compagni di classe. Era abile nel kendo e aveva una giovane madre attraente. Yuichi, d'altra parte, era un ragazzo più tranquillo che si innamorò della musica della strana musicista Lily Chou-Chou. Durante un viaggio di gruppo a Okinawa, Hoshino ha avuto un'esperienza traumatica di pre-morte e la sua personalità è cambiata da bonaria a pericolosa e manipolatrice. Al liceo, prende il posto di bullo della classe e mostra il suo ritrovato potere rovinando la vita dei suoi compagni di classe.