In Giappone, nell'anno 2035, durante un progetto di ricerca si verifica un incidente noto come "Burst", che genera una forma di vita artificiale fuori controllo chiamata "Matter" che si è diffusa in tutta la gola di Kurobe. La città di ricerca, un tempo acclamata come la speranza per l’umanità, è stata isolata dal governo. Due anni dopo, la quindicenne Aiko Tachibana, che ha perso la famiglia nel Burst, apprende qualcosa di incredibile da Yuya Kanzaki, una nuova studentessa della sua scuola. Un segreto è nascosto nel suo corpo e la risposta al puzzle si trova nel "Punto Primario" che era il centro del Burst. Aiko decide di infiltrarsi nell'area riservata, scortata da una squadra di sommozzatori e con Yuya come guida. Quando un ragazzo incontra una ragazza con il destino dell'umanità nelle loro mani, quale nuova verità verrà alla luce?