Il giorno in cui Tōma Kamijō e Index vedono in lontananza l'ascensore spaziale della Città Accademia, Endymion, incontrano una ragazza di Livello 0 con una straordinaria voce cantata, Arisa Meigo. Mentre i tre si divertono insieme dopo la scuola, il mago Stiyl Magnus li attacca improvvisamente. Il suo obiettivo: Arisa. Perché una ragazza dal lato scientifico dovrebbe essere presa di mira da qualcuno dal lato magico, si chiede Tōma. Nel caos dell'attacco di Stiyl, dice a Tōma, Index e Arisa che potrebbe causare una guerra tra il lato magico e quello scientifico.